Kunisaki Yukito est un voyageur solitaire qui arpente le Japon et gagne sa vie en proposant un spectacle de marionnette aux plus jeunes.

Il atterrit dans un village où il fait la rencontre de Misuzu, une jeune fille rêveuse et énigmatique avec laquelle il se lie d'amitié.
Décidant de rester quelques temps il va bientôt se rendre compte que derrière la beauté de cette ville se cache la tristesse, la solitude, la peine et la douleur de ses habitants.

Entre humour et sentiment, AIR est le récit de la rencontre entre Yukito et ses habitants.