1995. Les 800 habitants de l'île Kamikakushi ont disparu. Tous. Sauf une fille, Wakatake Mari, qui a perdu la mémoire juste après l'incident. Ce mystérieux cas n'a jamais été résolu. Cinq ans plus tard, la grand-mère de Mari l'envoie dans une école exclusivement féminine où elle y rencontre Hagino. Après lui avoir serré la main, Mari remarque que les yeux de Hagino ont pris une couleur bleue assez singulière. Hagino semble dans un état second : elle prend le cou de Mari dans ses mains et tente de l'étrangler. Ce soir-là, Mari a surpris Hagino en train de quitter l'Académie. Elle la suit et trouve Hagino devant un immense vaisseau spatial...
Ce vaisseau spatial, Hagino, l'incident de l'île Kamikakushi... Mari découvrira bien tôt que tout cela est lié