Yûji Sakai étudie au lycée de Misaki. Après les cours, il apprécie les balades dans les rues commerçantes de la ville. Lors d'une de ses sorties, il est le témoin d'événements extraordinaires : une barrière fige le temps et l'espace autour du quartier.

Deux Rinnes aux ordres d'un mystérieux Tomogara de Guze dévorent goulûment les âmes des pauvres passants. Alors que Yûji est sur le point d'être dévoré à son tour, une mystérieuse jeune fille aux cheveux de feu intervient et met un terme au massacre. Cette Flame Ahze apprend à notre héros que les personnes dévorées devant ses yeux sont maintenant des Torches et qu'elles vont disparaître ainsi que toute trace de leur existence passée. Plus dur à avaler, notre héros apprend qu'il est lui-même un Mystes, une Torche d'un genre un peu particulier.

Nos deux héros vont alors s'associer pour traquer ce mystérieux Tomogara de Guze, chasseur de Flame Ahze et friand d'âmes humaines...