Le manga met en scène les aventures de Bobobo-bo Bo-bobo, un héros à la coupe afro qui se bat contre l'Empire Chauvekipeut, qui a décidé que chacun devait être chauve, à l'image de l'Empereur Crâne d'Œuf 4e du nom. Pour cela, les brigades capillo-tracteuses sèment la terreur. Bo-bobo ne peut pas laisser faire une telle tuerie. Grâce à sa technique secrète du Hanagé Shinken, l'art ancestral des poils de nez, où il utilise ses poils de nez à des fins offensives, il compte faire régner la paix dans son monde. Il connait des techniques de combats telles que "la technique des poils de nez constrictor" ou “la technique de la furie des poils de nez". Au cours de sa quête, il rencontrera diverses personnes qui le suivront, comme la jeune Beauty ou encore le non-moins excentrique Don Patchi.

Les combats et le scénario sont complètements idiots et d'un humour très étrange, si bien que l'on a l'impression que le but est de sombrer dans la folie la plus totale.

Le manga est en réalité une parodie caricaturant les shônens en général. Les allusions étant bien cachées et très nombreuses, allant de Ken le survivant à Dragon Ball en passant par Saint Seiya, il faut disposer d'une solide culture manga pour les déceler.