Il y a des années de cela, un acte terroriste connu sous le nom Twin X, sabota un projet scientifique et entraîna la désertification du monde, désormais post-apocalyptique. Sur ces terres dévastées, s'affrontent deux organisations aux dessins mystérieux : Orga menée d'une main de fer par une veuve énigmatique, la Comtesse, et Gilgamesh le groupe guerrier du scientifique Enkidu à l'origine du désastre. Mais dans cette guerre qui oppose les deux factions, un nouvel enjeu apparaît : deux enfants dont on dit qu'ils décideront de l'avenir de l'humanité ou de sa destruction définitive. Ces soldats de l'apocalypse dotés de pouvoirs dévastateurs engagent alors une chasse à l'homme vis-à-vis de Tatsuya et sa soeur Kiyoko, deux enfants qui se retrouvent malgré eux au coeur d'une bataille gigantesque...