Samurai Girl raconte les aventures de Heaven, une jeune japonaise de 19 ans qui découvre que son businessman de père adoptif est en fait à la tête des Yakuza (la mafia nipponne) et a peut-être fait assassiner son frère. Elle quitte sa famille et débute un entrainement pour devenir samurai. Avec l'aide d'un groupe d'amis américains, elle va essayer d'abattre l'empire de son père.