Maetel retourne sur Rahmetal, sa planète d'origine pour découvrir à sa grande surprise sa mère, la Reine Andromeda Promethium, de nouveau dans un corps de chair et de sang. Son peuple, en grande partie mécanisé, voit par contre d'un mauvais œil ses réticences à punir les vils humains qui persistent à les provoquer, à l'instar d'un jeune passager clandestin du Galaxy Express 999 qui débarque en même temps que Maetel. Mais que trame-t-il donc chez les mécanoïdes ? Que cache véritablement la mission de recrutement de Maetel ? Et la compassion de la Reine Millenium pour les humains va-t-elle perdurer ? Les choses se compliquent avec l'implication du Capitaine Harlock mais aussi d'un des généraux de la Reine, qui dissimule de sombres desseins.