Fin du 30e siècle, la guerre entre le Gouvernement Galactique et l'Union Terrestre prend fin. Les humains doivent capituler face aux humanoïdes. Afin de satisfaire les vainqueurs, l'Union Terrestre engage le commandant Warrius Zero pour chasser les pirates qui continuent le combat contre les humanoïdes. L'un de ces pirates est Albator. Zero, à bord du Karyu, prend le chemin de Gun Frontier pour trouver des informations sur l'endroit où se trouve Albator.