Rokujo Miharu est un garçon comme les autres, mais il a en lui une technique secrète très puissante appelée « Shinrabanshō » convoitée par de dangereux ninjas.
Kouichi Aizawa crée un club de ninjas dont le professeur Kumohira est responsable, tous deux sont des ninjas qui cherchent à protéger Miharu des menaces qui pèsent sur lui. Ils le forcent à faire partie de leur club de ninja pour qu'il apprenne à se défendre afin qu'il devienne le seigneur de Nabari, le monde des ninjas.