Shun Ukiya est un lycéen comme les autres. Enfin pas tout à fait. Rencontrant un jour Ruriko Ikusawa par "hasard", celle ci va lui entrouvrir les portes de son destin et lui révéler que tout comme elle, Shun est un Gate Keeper, un être humain possédant des pouvoir surnaturels.
Elle va aussi lui apprendre que le gouvernement japonais est en train de regrouper les Gate Keepers comme lui, pour combattre la menace de plus en plus envahissante des extraterrestres.