Genshiken raconte le parcours initiatique de Sasahara Kanji, un otaku pur et dur, qui décide lors de son jour d'entrée en fac de rejoindre un club. Il hésite entre celui qui concerne le manga et l'autre qui fait les animés, puis il aperçoit le club "d'étude de la culture moderne visuelle" (en japonais GENdai SHikaku bunka KENkyû, d'où le titre). Quelques jours plus tard, il se rend au lieu de réunion du club. Là, les membres vont lui tendre un piège dans lequel il va tomber à pieds joints. Voilà donc notre jeune Sasahara qui rejoint le groupe, plus ou moins forcé. Il va, tour à tour, découvrir plus profondément l'univers du doujinshi, les conventions et le cosplay.