Après l'explosion du générateur de chaos de Robotnik, Sonic et ses amis se retrouvent dans le monde des humains. Sonic s'y fait immédiatement un nouvel ami : Christopher Thorndyke alias Chris. Sonic et ses amis (sauf Knuckles vu son attitude solitaire) vivront désormais chez lui. Mais c'est sans compter le Dr Robotnik qui veut à présent conquérir la Terre avec ses robots diaboliques et semer le carnage à l'aide des Émeraudes du Chaos. Qui va les retrouver en premier ? Sonic ou Robotnik ?