L’Héroïne de la série est une licorne violette nommée Twilight Sparkle, qui est l’élève de la Princesse Celestia, la souveraine d'Equestria. Twilight Sparkle est une étudiante extrêmement sérieuse qui ne prend pas le temps de se lier d'amitié avec ses camarades. Par hasard, elle découvre qu'une terrible prédiction menace d'enfermer Equestria dans une nuit éternelle ; mais lorsqu'elle en avertit la Princesse Celestia, celle-ci l'envoie dans le village de Ponyville avec pour mission de se faire des amies, et de vérifier la préparation de la fête du Soleil d'été prévue pour le lendemain. À contrecœur, la jeune licorne s'exécute et fait la connaissance des autres personnages principaux : Applejack, Rainbow Dash, Rarity, Fluttershy et Pinkie Pie (voir la section Personnages pour plus de détail). Cependant, Twilight Sparkle avait vu juste : la prophétie semble sur le point de se réaliser... et ce n'est qu'accompagnée de ses nouvelles amies qu'elle pourra sauver le royaume.