Alors que l'alliance interplanétaire, connue sous le nom de « République », est attaquée par les nietzschéens, un vaisseau de la garde suprême, l'Andromeda Ascendant, est happé par un trou noir. Son commandant, Dylan Hunt, n'a que le temps d'ordonner l'évacuation de l'équipage avant d'être propulsé dans un voyage dans l'avenir.

300 ans plus tard, Rebeka Valentine, le capitaine du cargo Eureka Maru, retrouve l'Andromeda et tente de se l'approprier. Mais son équipage de mercenaires et elle-même n'avaient pas prévu que le capitaine de l'Andromeda, Dylan Hunt, serait toujours présent à bord de son navire.