Le temple d'Ukishima se situe dans une petite ville lacustre. La prêtresse Kisaragi Saya y vit avec son père, Tadayoshi. Le jour, elle vit une vie de lycéenne normale, à l'académie Sanbara. Mais la nuit, elle chasse les Anciens. Ces derniers convoitent les humains, et seule Saya a la capacité de les vaincre.