Rikugô Tokidoki est un collégien ordinaire bien que peu sociable. Alors qu'il vient de rater son examen d'histoire, il entreprend la visite virtuelle du Japon à l'ère Edo.
Dans le grand complexe ultra-moderne qui abrite l'exposition, il va faire la connaissance de Shimonome Kon qui va lui servir de guide. Mais notre héros va se perdre et, au moment où il s'apprête à traverser un pont, il va se faire attaquer par un étrange pantin (en fait un Yakou) chevauchant une bête féroce (un Nue). Toki ne devra son salut qu'à l'intervention d'une jeune fille mystérieuse et manieuse de sabre hors-pair : Kuchiha.
En reprenant conscience le jeune homme se rend compte qu'il a été transféré dans un monde parallèle identique à celui de la période Edo. Il va y retrouver Kon dans cet univers bien étrange où s'affrontent les forces mystiques et démoniaques.