L’histoire de cette nouvelle adaptation signée Madhouse nous entraine un an après la mort de Jean Grey et après que l’organisation des X-Men ait été dissoute. Au Nord-Est du Japon, Hisako Ichiki, une collégienne mutante, est portée disparue. Le fondateur des X-Men, le Professeur X, convoque alors son équipe dispersée au quatre coins du monde. Une fois réunis, les X-Men se rendent au Japon où ils devront faire face à une autre organisation...