Après avoir perdu la mémoire et son identité, XIII a perdu sa liberté. Malgré son action héroïque pour sauver son pays du complot qui le menaçait, il a recueilli pour tout honneur la prison. Une de ces prisons secrètes de la CIA où l’on croupit oublié de tous.

Quel est le lourd secret qui pèse sur son passé et lui vaut la méfiance voire l'hostilité de son gouvernement ? XIII aura peut-être bientôt l’occasion de le découvrir, lorsqu’Irina, mercenaire aux employeurs mystérieux, le sort de prison pour accéder au contenu d’un coffre dont il a seul l’accès. XIII accepte en échange d’informations sur son passé.

Le contenu de ce coffre - en apparence une simple montre - est en réalité convoité par beaucoup de monde : à la fois le gouvernement américain, via le colonel Amos qui s’est persuadé que XIII en liberté représente un danger majeur, mais également les opposants mystérieux et puissants de l’actuel gouvernement, notamment l’ancien président Wally Sheridan.

Une nouvelle fois, XIII se retrouve malgré lui au coeur d’un complot mettant en danger les Etats-Unis. A moins que celui-ci ne soit intimement lié à ce passé qu’il ignore... N’ayant plus confiance en personne, XIII décide de garder la montre et le secret qu’elle recèle. C’est l’occasion d’un premier affrontement avec Irina qui, au fil de la série, sera une ennemie aussi redoutable que séduisante.