Haruhi Suzumiya est une fille plutôt étrange, elle n'a qu'un seul but dans la vie : rencontrer des personnes de type paranormal, que ce soit des aliens, des voyageurs du temps, des exilés de l'espace, etc. L'étrange l'attire et elle n'aime pas trop se mêler aux gens normaux.
Kyon, lui, est un jeune lycéen devenu terre à terre après avoir réalisé que tous ces phénomènes paranormaux n'existent pas.
Ce dernier va se retrouver finalement dans la même classe que Haruhi et il deviendra très vite, malgré lui, son acolyte dans toutes ses fantaisies. Fort heureusement, Haruhi arrivera à embrigader d'autres personnes afin de créer une organisation aux objectifs bien étranges : la Brigade SOS.