Saison 1 :
Tomoya Okazaki est un étudiant de troisième année considéré comme délinquant. Tout semble immobile dans sa vie jusqu'à ce qu'il rencontre Nagisa, et Tomoya découvre que sa vie est sur le point de changer. Il commence à rêver d'un monde morne et il rencontre une fille qui à la capacité de créer des choses en faisant fusionner des vieilleries. Ainsi elle lui crée un corps. Il renaît alors dans ce monde morne et suit la fille, il sont les deux seuls êtres "vivants".

Saison 2 :
Après l'obtention de son diplôme, Tomoya se devait de chercher un travail pour subvenir seul à ses besoins et ne plus dépendre des parents de sa bien aimée. Durant ce temps, Nagisa vit de son côté assez mal le fait de se retrouver seule à l'école... Cependant de son coté Tomoya souffre de sa relation avec son père, devenu criminel et incarcéré. Entre maladies récurrentes et mal-être prépondérant, le couple devra traverser nombre d'épreuves afin de survire et de continuer malgré tout à être heureux...