Après les différentes mésaventures de Dragon Ball et Dragon Ball Z, un personnage clé du manga (plutôt comique) refait son apparition : Pilaf. Après avoir mis la main sur les boules de cristal il prononce un voeu mal formulé qui fait que Sangoku redevient un enfant. L'autre côté négatif du voeu est que le Dragon Sacré actuel est remplacé par l'ancien, Shenron (celui d'avant la séparation de Petit Coeur et Dieu, ce qui fait que les boules sont très puissantes). Les boules de cristal sont alors éparpillées dans tout l'univers, et Sangoku accompagné de Pan et Trunk vont devoir parcourir l'espace en quête des boules de cristal, afin d'annuler le souhait de Pilaf. L'histoire se déroule dix ans après la fin de Dragon Ball Z. Son Goku termine l'entraînement de Oob dans le palais du Tout-Puissant. Suite à un vœu raté de Pilaf, Son Goku redevient un enfant. Ce vœu a altéré les Dragon Balls qui se dispersent dans l'espace. Son Goku a un an pour les réunir. S'il n'y parvient pas, la Terre se désintègrera. Il part avec Trunks et Pan à la recherche des boules de cristal éparpillées dans toute la galaxie.