Après avoir obtenu sa licence de mise en scène et création de décors de théâtre, il fait ses débuts comme metteur en scène de théâtre, monteur de bandes-annonces et réalisateur de clips vidéo d'identité visuelle pour la BBC, qui seront primés.

En 1993, il commence à travailler avec le producteur Nick Morris chez Academy Commercials, où il écrit et réalise trois courts métrages, Mad, Pool, Commission, avant de passer à la réalisation de vidéoclips et de films publicitaires. Il signe différents clips pour Massive Attack, Nick Cave, Blur ; ceux de Radiohead et Jamiroquai sont récompensés à plusieurs reprises.

En 1997, il est élu Réalisateur de l'année lors des Music Video Awards, et son clip Virtual Insanity pour Jamiroquai est nommé à dix MTV Awards. Plus récemment, son vidéoclip pour Unkle, Rabbit in your Headlights, a obtenu un Silver Award for Outstanding Direction à DetAD et un MVPA Award pour la meilleure vidéo étrangère.

Jonathan Glazer a signé la réalisation de certains des films publicitaires les plus novateurs et les plus remarqués des années 90, qui ont remporté de très nombreux prix. Dans le cadre de Channel 4, The 100 greatest TV Ads, sponsorisé par le Sunday Time, Surfer a été élu meilleure publicité de tous les temps par le public. Aux Aet AD, ce même spot, a remporté deux médailles d'or, dans la catégorie réalisation et dans celle des films publicitaires télévisés de plus de 60 secondes.


Sexy Beast est le premier long métrage que réalise Jonathan Glazer en 2000. Lauréat de nombreux prix internationaux pour son travail dans la publicité et le clip, il a choisi de situer son premier film dans le monde dans gangsters britanniques - un univers qui l'a toujours fasciné.

Il poursuit dans la réalisation cinématographique en 2004 avec Birth où Nicole Kidman tient le premier rôle, un petit garçon tente de la convaincre qu'il est la réincarnation de son mari décédé.

Après une longue absence il revient au grand écran en 2013 avec Under The Skin, un film ayant pour tête d'affiche Scarlett Johansson.