D'origine hawaïenne et de parents chinois, Jason Scott Lee s'intéresse au théâtre pendant ses études secondaires, tout en pratiquant déjà plusieurs sports. Il commence son apprentissage théâtral au Fullerton College du Comté d'Orange (Californie) et décroche à sa première audition un petit rôle dans Born in East L. A. de Cheech Marin. On peut le voir ensuite assez brièvement dans Retour vers le futur II de Robert Zemeckis.
On peut le voir ensuite à la télévision dans Le Visage de l'oubli et Retour pour l'honneur (Vestige of Honor) en 1990 et dans American Eyes en 1991. C'est l'année suivante qu'il commence à se faire vraiment connaître au niveau mondial en jouant dans Ghoulies III: Ghoulies Go to College.
La consécration arrivera l'année suivante, au cours de laquelle il incarne Bruce Lee dans Dragon, l'histoire de Bruce Lee de Rob Cohen. Il enchaîne ensuite les succès avec Rapa Nui (1994) de Kevin Reynolds, et Le Livre de la jungle (1994) de Stephen Sommers.
Se spécialisant dans les films musclés tels que La Malédiction de la momie (1998) de Russell Mulcahy, Soldier (1998) de Paul W.S. Anderson, Timecop 2: la décision de Berlin (2003) de Steve Boyum, Nomad (2004) de Sergei Bodrov, Ivan Passer et Talgat Temenov, il incarne également à deux reprises Father Uffizi dans Dracula II: Ascension (2003) et Dracula III: Legacy (2005), tous deux réalisés par Patrick Lussier.
Il s'essaye ensuite au doublage en prêtant à deux reprises sa voix au personnage du surfer David Kawena dans Lilo & Stitch (2002) et Lilo & Stitch 2 (2005). On peut également le voir dans des films comiques, en témoigne sa prestation dans Balles de feu (2007) de Ben Garant aux côtés notamment de Christopher Walken. Contrairement à la rumeur, il n'a rien à voir avec Bruce Lee.