L'aventurier Allan Quatermain dirige la Ligue des Gentlemen Extraordinaires, association de sept super-héros légendaires, comprenant le mystérieux Capitaine Nemo, la femme vampire Mina Harker, l'invisible Rodney Skinner, le jeune et intrépide agent secret américain Tom Sawyer, l'inaltérable Dorian Gray et l'inquiétant duo Jekyll / Hyde. Venus des horizons les plus divers, les membres de la Ligue sont de farouches individualistes, des exclus au passé ténébreux et agité, dont les facultés hors normes constituent à la fois un atout et une malédiction.

Réunis dans des circonstances exceptionnelles, ils doivent en peu de temps nouer des rapports de confiance, apprendre à fonctionner en équipe. Après avoir embarqué à bord du Nautilus, ils gagnent Venise, où leur adversaire, le diabolique Fantôme, se prépare à saboter une conférence réunissant les plus grands chefs d'Etat...