En 1839, ''l'Amistad'', navire espagnol transportant des esclaves africains, est pris dans une violente tempête au large de Cuba. Une cinquantaine de prisonniers réussissent à se libérer de leurs chaînes et se retournent contre leurs bourreaux, qu'ils passent par les armes. Cinqué, leur leader, oblige le capitaine à les ramener vers l'Afrique, mais celui-ci, profitant de son ignorance, met le cap sur l'Amerique. Jetés en prison, les mutins vont être défendus par deux fervents abolitionnistes, Theodore Joadson et Lewis Tappan, qui engagent un jeune avocat, Roger Baldwin.

Le film est inspiré de faits authentiques, une mutinerie d'un groupe d'esclaves africains transportés à bord de La Amistad en 1839 et qui est devenue un symbole du mouvement pour l'abolition de l'esclavage.