Ce film raconte l’histoire d’un jeune garçon (Kaito Kuroba) qui après la mort de son père découvre que ce dernier a été assassiné par une organisation secrète pour avoir refuser de dérober la pierre mystérieuse offrant l’immortalité et qui est appelée «Pandora Gem». Découvrant par la même occasion les activités secrètes de son père, un des plus grand voleur et magicien de tout les temps, Kaito décide de succéder à son père en tant que «Phantom Thief» afin de récupérer le «Pandora Gem» et de démanteler l’organisation secrète qui à tuer son père...