C'est en l'an 2525, que les humains se font attaquer par des races extraterrestres, connus sous le nom de "Covenants". Les covenants estiment la race humaine comme une race inférieure, et la considèrent en tant qu'un affront envers leurs dieux. C'est donc avec grande haine et méprise qu'éclatent les batailles les plus sanglantes que l'humanité n'ait jamais connus...

Six ans après le début de la guerre, en l'an 2531 (environ 20 ans avant l'évènement "Halo"), la planète Harvest se fait de nouveau attaquer par les Covenants. Les aliens engagent le combat contre les force UNSC (United Nations Space Command), alors que sous les feus des extraterrestres, le vaisseau "Spirit of Fire" est envoyé sur les lieux pour enquêter sur la raison pour laquelle les Covenants sont toujours intéressés par la colonie.