En 1865, Izo est un guerrier à la solde de Hanpeida, seigneur de la province de Tosa qui a prêté allégeance à l'Empereur. Après avoir décimé plusieurs hommes du Shogun, Izo est capturé et crucifié.
Mais la fureur qui a toujours animé Izo l'empêche de mourir et le propulse à travers
l'espace-temps : il est soudain réincarné en sans-abri dans le Tokyo d'aujourd'hui. Izo n'a rien perdu de sa terrible colère et renoue avec sa frénésie meurtrière, affrontant ses anciens ennemis qui ont retrouvé sa trace.
Les massacres perpétrés par Izo attirent sur lui l'attention des dieux qui le somment d'y mettre un terme. Mais le guerrier ne se soumet à personne, pas même aux divinités de la Création. Le Premier ministre du Japon n'a plus d'autre recours que de mobiliser les forces alliées du passé et du présent, des samouraïs aux yakuzas...