Ce programme de neuf courts métrages faisant appel à diverses techniques d'animation (animation classique, manga, images de synthèse...), raconte plusieurs histoires au sein du monde de la Matrice autour de la guerre hommes/machines, et se situe chronologiquement entre Matrix et / . Il comprend :

# The Second renaissance - Première et deuxième parties - Réalisé par Mahiro Maeda, écrit par Larry et Andy Wachowski - La guerre entre hommes et machines, la genèse de la Matrice, et la chute de l'Humanité.

# Program - Ecrit et réalisé par Yoshiaki Kawajiri - Au coeur d'un programme de simulation, un soldat de Zion doit choisir entre l'amour et ses camarades du monde réel.

# Kid's story - Réalisé par Shinichiro Watanabe, écrit par Larry et Andy Wachowski - Un jeune lycéen est invité par Neo à tenter d'échapper à la Matrice. Il doit trouver une sortie...

# World record - Réalisé par Takeshi Koike, écrit par Yoshiaki Kawajiri - Utilisant sa puissance et son endurance, un sprinter parvient à sortir de la Matrice, et à entrevoir le monde réel qu'elle dissimule.

# Beyond - Ecrit et réalisé par Koji Morimoto - Dans une petite ville tranquille, Yoko découvre un bug de la Matrice, représenté par un manoir abandonné où tout semble possible. Mais les exterminateurs débarquent, pour débuger le système.

# Matriculated - Ecrit et réalisé par Peter Chung - Un petit groupe de rebelles parvient à capturer une "sentinelle" et à reprogrammer le robot afin qu'il oeuvre pour la cause humaine...

# Detective story - Ecrit et réalisé par Shinichiro Watanabe - Un détective privé est engagé pour traquer la cyber-criminelle Trinity.

# The Final flight of the Osiris - Réalisé par Andy Jones (Square USA), écrit par Larry et Andy Wachowski - L'équipage de l'Osiris doit ramener un message vital vers la cité rebelle de Zion. Les sentinelles sont sur leur trace...