C'est la fin du XXième siècle. Au coeur d'une lointaine galaxie, à bord du vaisseau d'exploration Palomino qui retourne vers la Terre, le robot Vincent détecte la présence d'un puissant ''trou noir'', le phénomène le plus mystérieux et le plus terrifiant de l'univers, capable d'engloutir à tout jamais planètes et étoiles, et d'emprisonner la lumière pour la nuit des temps. A bord du gouffre, une gigantesque station spatiale qu'une zone de non gravité protège du trou noir : l'USS Cygnus, disparue en mission vingt ans plus tôt. Tandis que Palomino s'en approche, le vaisseau fantôme s'illumine soudain ...