Le braquage d'une pharmacie par une bande de 'junkies' en manque de drogue tourne mal : une fusillade cause la mort de plusieurs personnes dont un policier, abbatu par la jeune Nikita. Condamnée à la prison à perpétuité, celle-ci fait bientôt la rencontre de Bob, un homme mystérieux qui contraint la jeune femme à travailler secrètement pour le gouvernement.
Après quelques rébellions lors d'un entraînement intensif de plusieurs années, Nikita devient un agent hautement qualifié des services secrets, capable désormais selon Bob d'évoluer seule à l'extérieur. Celui-ci espère d'ailleurs s'en assurer lors d'une terrible mise à l'épreuve, dans laquelle Nikita doit éliminer un pilier de la mafia asiatique au beau milieu d'un restaurant bondé...