Michael Brody et Sean Brody, les deux fils du chef de la police Martin Brody de la ville plaisancière d'Amytiville, ont bien grandis. Après que leur père ait affronté deux foix la terreur des mers, le Grand Requin Blanc, une espèce animale mangeuse d'hommes de plus de sept mètres de long, ils se sont installés en Floride où ils travaillent pour un célèbre parc aquatique englouti dans la mer, dirigé par Calvin Bouchard.
Peu de temps après l'ouverture du parc, l'équipe récupère dans les fonds marins un bébé requin, qui meurt sur les tables du laboratoire scientifique du parc.
La mère du requin veut récupérer son petit, et elle sait qu'il se trouve quelque part dans le parc. Celle-ci décide donc de passer à l'attaque et de détruire le Sea World...