Après avoir été capturé pour avoir tenter d’assassiner le chef de Kumo (le Raikage) et pour avoir tué des Jônins des villages de Kiri et d’Iwa, Naruto est emprisonné à Hozûkijo, un centre d’emprisonnement de criminels plus connu sous le nom de: Prison de Sang. Le Gardien de l’établissement, Mûi, utilise des Jutsu d’emprisonnement Ultimes pour voler les pouvoirs et les capacités de ses prisonniers. Dans la prison de Sang, quelque chose en veut à la vie de Naruto. La bataille pour prouver son innocence et découvrir la vérité à commencé pour Naruto et ses amis.