SGS (Search Guard Successor) est une organisation secrète qui doit retrouver et protéger des artefacts perdus nommés Precious, appartenant à des civilisations disparues, et possédant de grands pouvoirs, les rendant potentiellement dangereux s'ils venaient à tomber entre de mauvaises mains. Dans ce but a été mise en place une unité spéciale, les Bokengers, composés de Satoru Akashi (BokenRed), le chef respecté, Sakura Nishihori (BokenPink), spécialiste des explorations des fonds marins (et secrètement amoureuse de Akashi), Sōta Mogami (BokenBlue), un ex-agent secret, ainsi que de deux nouvelles recrues, Masumi Inōe (BokenBlack), un ex-voleur et pilleur de tombes, et Natsuki Mamiya (BokenYellow), une jeune fille amnésique, découverte près d'une grotte par Masumi lors d'une de ses explorations. Lors de leurs aventures, les Bokengers se retrouvent face à plusieurs groupes d'ennemis, les Negative Syndicates, qui cherchent à utiliser les Precious pour leurs intérêts personnels : La Civilisation Gordom et la Tribu Jaryū cherchent à faire que leurs espèces respectives dominent la Terre, alors que les ninja de Dark Shadow cherchent seulement à dégager des profits du trafic de Precious.