Les trois films de Rodrigue Borgia chevauchent à bride abattue vers le Vatican où un conclave s'est réuni pour élire un nouveau pape à la suite du décès d'Innocent VIII. Après une campagne habile faite d'intrigue et de corruption, Rodrigue parvient à obtenir les 2/3 des voix des cardinaux, il est élu pape le 11 août 1492. 38 ans après son grand oncle le pape Calixte III, il prend le nom d'Alexandre VI. Les ambitions du nouveau pape sont immenses, conquérir des territoires pour agrandir les états pontificaux, accroître les richesses et le pouvoir de la papauté ainsi que privilégier à tout pris sa famille pour accroître sa puissance et celle de ses enfants. Pour cela, il nomme son fils aîné Jean chef de ses armées, son fils César cardinal et marie sa fille Lucrèce à Jean Sforza, prétendant au duché de Milan. Après l'assassinat mystérieux de son fils Jean, Alexandre VI nomme César chef de ses armées pour le remplacer après que ce dernier eut renoncé à sa charge de cardinal.
Tout semble sourire à Alexandre VI au faîte de sa réussite et de sa puissance lorsque subitement tout va basculer tragiquement...