Internet : champ de bataille. Les Digi-élus et leurs compagnons Digimon s'apprêtent à vivre une grande aventure. Un nouveau Digimon doté de super pouvoirs commence à absorber toutes sortes de données digitales et finit par maîtriser tous les moyens de communication de la planète tout en préparant une invasion nucléaire du Japon depuis les USA. Seuls les efforts combinés d'un réseau international d'enfants, épaulés par un nouveau méga héros Digimon, Omnimon, peuvent empêcher la catastrophe.