On est en 1999. Tous les monstres ont été placés sur une île surprotégée. Ils vivent paisiblement jusqu’au jour où de mystérieux rayons venant de l’espace, plus précisément, des Kilaacs, peuple extra terrestre. Les kilaacs prennent le contrôle des monstres et ceux-ci partent à l’attaque du monde entier. Godzilla se rend à New York, Rodan à Moscou, Gorosaurus à Paris et Mothra à Pékin. Après avoir tout détruit, ils se dirigent vers Tokyo où ils sont rejoints par Manda et Baragon. Un groupe d’astronautes de la navette SY3 parvient à détruire l’émetteur et les monstres sont ainsi libérés de l’emprise des Kilaacs. Le final se déroule au pied du mont Fuji. Tous les monstres terriens s’unissent pour venir à bout de Ghidora, le monstre à trois têtes dans un combat titanesque !