La Troisième Guerre mondiale a laissé le monde exsangue. Pour éviter une nouvelle horreur, les dirigeants de la planète ont lancé le projet Appleseed à travers la construction de la cité expérimentale d'Olympus dont l'administration est confiée à des êtres artificiels mi‑hommes mi‑machines appelés biodroïds. Mais cette utopie mécaniste sous‑estime beaucoup trop l'éternel désir humain pour la liberté totale. Une liberté que certains pensent devoir être gagnée à tout prix...

Dunan Knutt et Briareos Hecatonchire sont tous deux des survivants de la guerre : à la demande des dirigeants d'Olympus, ils rejoignent les rangs des ESWAT de la cité radieuse pour protéger ses citoyens des divers groupuscules terroristes qui s'opposent au projet Appleseed. Mais les plus dangereux opposants d'Olympus ne sont pas forcément ceux qu'on croit...