Première partie (1h29):
Juin 1940. A Chartres, lorsque les Allemands arrivent, Jean Moulin, préfet «front popu», se met - froidement mais dignement - à leur disposition. Cependant, quand on lui demande de signer une déclaration accusant les Sénégalais de l'armée française d'avoir brutalisé les civils, il refuse. Il est torturé, jeté en prison. Craignant de ne pouvoir résister davantage, il se tranche la gorge. Il est sauvé. Il reprend son poste. Finalement il est renvoyé par l'administration pétainiste et gagne, alors, Paris où il réactive ses anciens réseaux. Il revoit Gilberte qu'il aime plus que toute autre mais qu'il sacrifie, ne pouvant lui assurer ce qu'elle demande : le gîte, l'amour et le couvert. Il parcourt la France pour établir un état des lieux des mouvements de résistance en formation. Il rencontre Henri Frenay et les dirigeants de Combat, de Franc-Tireur et de Libération. Antoinette Sachs, son amie (et un peu plus) l'aide. En octobre 1941, Jean Moulin s'embarque pour Londres.

Seconde partie (1h50):
Janvier 1942. Jean Moulin est parachuté en France. Il est devenu le représentant personnel du Général de Gaulle, chargé d'unifi er les mouvements de Résistance. Il s'organise une vie double : à Eygalières, préfet en disponibilité vivant dans la maison familiale ; chef clandestin partout ailleurs. A Marseille, puis à Lyon et à Paris, il retrouve les chefs de la Résistance intérieure. Il s'impose à eux pour une raison majeure : lui seul peut fournir aux mouvements les armes et l'argent dont ils ont besoin. Les conflits apparaissent rapidement : on lui reproche de sacrifier l'identité des mouvements à la toutepuissance du Général de Gaulle ; de forcer le jeu démocratique en rétablissant les anciens partis politiques dans leurs rôles de naguère ; de se comporter comme un préfet centralisateur, de gauche qui plus est. Là n'est pas l'opinion de Vichy qui le convoque pour lui proposer... d'être réintégré ! Il refuse, bien entendu. Les mois passant, Jean Moulin, devenu Max puis Rex, s'enfonce dans la clandestinité. Cela ne l'empêche pas de faire la cour à de jolies demoiselles. Il adopte une activité de couverture qui lui permet de renouer avec une passion de toujours : la peinture. Sans qu'il le sache encore, le fi let se referme sur lui. Klaus Barbie et les siens sont à l'oeuvre. Les Allemands sont aidés dans leur tâche par d'anciens cagoulards français qui trahissent. Au sein de la Résistance, les confl its gagnent en violence. Les arrestations se succèdent. Les amis de Jean Moulin tombent les uns après les autres ; lui poursuit sa tâche, marchant vers son destin.